Introdução à utilização da linha de comando em Linux e ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico

Universidade Federal de São Paulo - Instituto de Ciência e Tecnologia (ICT/Unifesp)

Grupo de Bioinformática e Biologia Computacional (GBBC)

Objetivos

Objetivos Gerais

A primeira parte do curso tem como objetivo possibilitar uma visão geral sobre a utilização da linha de comando do sistema operacional Linux. Serão apresentados e utilizados os principais comandos para manipulação de arquivos via terminal. Como continuação, será introduzida a utilização de ferramentas para manipulação e análise de dados genômicos. Os processos que serão abordados fazem parte de um pipeline tradicional em Bioinformática e são essenciais para área de Genômica e Transcriptômica.

Objetivos Específicos

• Acessar o terminal do Linux, manipular e organizar arquivos/diretórios via linha de comando;
• Compreender arquivos genômicos utilizando ferramentas de visualização gráfica com intuito de analisar os conteúdos biológicos;
• Pré-processar e identificar variações genéticas em dados de sequenciamento utilizando softwares adequados;
• Interpretar as variações como partes importantes do genoma correspondentes a diferentes fenótipos.