SAM/BAM

SAM significa formato de Sequence Alignment/Map. É um formato de texto delimitado por TAB consistindo em uma seção de cabeçalho (opcional) e uma seção de alinhamentos. Se presente, o cabeçalho deve ser anterior aos alinhamentos. Linhas de cabeçalho começam com @, enquanto linhas de alinhamento não.

Cada linha de alinhamento possui 11 campos obrigatórios para informações essenciais do alinhamento, tais como a posição do mapeamento e um número variável de campos opcionais para informações específicas de dado alinhamento.